ينفرد المتحف القومى للحضارة المصرية بوجود مصبغة أثرية داخل حرم المتحف،وقد تم الكشف عنها لأول مرة عام1932م وهى تعد الفريدة من نوعها فى مصر ،وقد أعيد إكتشافها مجددا أثناء أعمال الحفائر التى سبقت بناء المتحف عام 2003 -2004 م.
تعد المصبغة المثال الوحيد القائم فى مصر على طراز المصابغ والتى يستدل منها على مدى التقدم التى وصلت إليه هذه الصناعة فى العصر الفاطمى.
وهى خير مثال ودليل على إستمرار التطور الحضارى المصرى منذ العصور المصرية القديمة ، فقد عرف المصرى القديم النواة الأولى لصباغة الألوان وكيفية إستخراجها من مواد طبيعية وكيفية تثبيتها.
إستمر العمل بهذة الصناعة مرورا بالعصر الإسلامى حتى وقتنا الحالى وذلك ما يجعل من المصبغة مزار سياحى ومقصد لكثير من زوار المتحف فمن خلال جولتهم بالمتحف سيتعرف الزائرون على الكثير من الموروثات الأثرية والحضارية التى تعكس لنا كم كان للحضارة المصرية القديمة دور الريادة والإستمرارية فى هذة الصناعة .
ومع بداية الكشف عن المصبغة أعتقد إنها معصرة للزيوت إلى أن تم إكتشاف بقايا إمتدادها فى الجانب الجنوبى وتم عمل تحليل للمواد المختلفة داخل أحد الخوابى (العيون) واتضح إنها مادة كانت تستخدم لصباغة الملابس.
جاءت المصبغة فى تخطيطها لتتكون من ثلاثة صفوف مزدوجة العيون فى كل واحدة منها ثلاثة عشرعيناً وفى الجانب الشمالى منها يوجد ثلاثة عشر عيناً منفردة ومدعمة بحائط مبنى بالطوب يستدل منها على إنها نهاية المصبغة من هذا الجانب.
وقد بنيت العيون من الطوب الأحمر صغير الحجم يفصل بينهما ممر عرضه حوالى 50 سم ويفصل كل مجموعة من العيون حائط من الطوب يبلغ عرضه حوالى20سم ،والعيون مستديرة الشكل قطرها حوالى 80 سم وإرتفاعها 70سم، كما يوجد بالجانب الشمالى عشر أحواض مستطيلة يعتقد إنها كانت تستخدم لتثبيت الصبغة بعد عملية الصبغ ويبلغ أبعادها 70*70 سم وإرتفاعها 90 سم ويفصل بينهما ممر عرضه حوالى 65 سم
فوجود هذة المصبغة داخل أسوار المتحف وما تحويه بين ثناياها من تطور لهذة الصناعة يعد خير شاهد وداعم لرؤية المتحف القومى للحضارة المصرية.