فى عام 1982 أعلنت منظمة اليونسكو بناء على طلب الحكومة المصريه عن حملة دولية لإنشاء متحف النوبة فى أسوان والمتحف القومى للحضارة المصرية بالقاهرة ، تم الإعلان عن مسابقة معمارية لتصميم المتحف ،حيث أختير التصميم الحالى وهو لمهندس معمارى مصرى.
وقد أسفرت الجهود المشتركة عن إختيار الموقع الحالى فى منطقة الفسطاط والذى تم إختياره عام 1999 بدلا من أرض الجزيرة التى تم تحديدها سابقاً ، وتعرف حاليا بإسم دار الأوبرا المصرية.
وقد تم وضع حجر الأساس للمتحف عام 2002 بعد أعمال الحفائر التى تمت بالموقع فى عام 2000 ، وتهدف الجهود المشتركة لليونسكو والحكومة المصرية بشكل جماعى إلى إنشاء متحف يعكس الجوانب الثقافية المختلفة لتاريخ مصر الغنى من خلال تبنى الأساليب المتطورة من الناحية الجمالية والتكنولوجية.
في عام 2017 تم إفتتاح قاعة للعرض المؤقت بعنوان الحرف المصرية عبر العصور المختلفة بحضور السيدة: إيرينا بوكوفا مدير عام اليونسكو وتبلغ مساحة القاعة 1000 متر مربع، وتعرض 4 حرف وهي: الفخار، الأخشاب، النسيج، الحلي، وتضم حوالي 400 قطعة أثرية من مختلف العصور بالإضافة إلى عدد كبير من قطع التراث والأفلام والصور التي تبرز الطابع المميز للحرف المصرية الأصيلة.