إن أهم ما ينفرد به متحف الحضارة هو القاعة التى صممت خصيصاً لعرض المومياوات من ملوك وملكات مصر الفرعونية والتى تهيئ للزائر أجواء منطقة وادي الملوك حيث عثر على هذه المومياوات الملكية وبشكل يليق بمكانتهم، ويتم عرض 20 مومياء ملكية 18 ملكاً وملكتان من الأسرات السابعة عشر وحتى الأسرة العشرين. لعل من أهم وأكثرهم شهرة مومياء الملك سقنن رع تاعا الثاني، والملك تحتمس الثالث، الملكة حتشبسوت، الملك رمسيس الثاني والملك رمسيس الثالث.
يعد إكتشاف المومياوات الملكية للدولة الحديثة واحداً من أعظم الاكتشافات الأثرية وأكثرها غرابة في تاريخ الإنسان. في هذه الحالة، لم تكن روائع فنية، بل أجسادًا مقدسة لبناة الحضارة المصرية في عصر الدولة الحديثة ، أولئك الذين آمنوا بالحياة بعد الموت وخصصوا جزءًا كبيرًا من ثروتهم لقهر الموت.
وفقًا لمعتقداتهم، فقد حفظوا أجسادهم من أجل أرواحهم. قاموا بنحت مقابرهم فى صخور الوادي على الضفة الغربية للنيل بالقرب من عاصمتهم في طيبة، وزودوهم بكل ما يلزم للحياة بعد الموت. بعد ذلك تم إغلاق مداخل المقابر وإخفاء الغرف، حتى تظل المومياوات محفوظة إلى الأبد وتلعب دورها في عالم آخر ، موطن الروح في الحياة بعد الموت.
خبيئة الدير البحرى
في هذا الخبيئة تم العثور على أربعين مومياء ملكية، من بينهم أشهر ملوك الدولة الحديثة مثل مومياء الملك سقنن رع تاعا الثاني من الأسرة السابعة عشرة الذى توفي في ميدان المعركة دفاعاً عن بلاده ضد الهكسوس. أحمس الأول محرر مصر، أمنحتب الأول، تحتمس الأول، تحتمس الثاني، تحتمس الثالث “نابليون الشرق”، سيتي الأول، رمسيس الثاني، صاحب الآثار العظيمة مثل أبو سمبل، رمسيس الثالث ورمسيس التاسع وهم من ملوك الأسرة الثامنة عشر حتى الأسرة العشرين.
كما تم العثور أيضاً على مومياوات لعدد من الملكات منهن أحمس نفرتاري (زوجة أحمس الأول)، وست كاموس، ومريت آمون، ونجمت، وماعت كارع، وإيست أم خب من الأسرة الثامنة عشرة حتى الأسرة الحادية والعشرين.
خبيئة مقبرة الملك أمنحتب الثانى (مقبرة رقم 35)
تم اكتشاف خبيئة أخرى مهمة وذلك بعد سبعة عشر عامًا من خبيئة الدير البحري. في عام 1898، اكتشف عالم المصريات الفرنسي فيكتور لوري مقبرة الملك أمنحتب الثاني في وادي الملوك. كان هناك كنز آخر من المومياوات الملكية. تم العثور على أمنحتب الثاني ، أحد ملوك الأسرة الثامنة عشرة، راقدًا في تابوته، ووضع معه قوسه الشهير. وفي حجرة أخرى، اختارها كهنة الأسرة الحادية والعشرون كمخبأ ، عثر على ثلاث عشرة مومياء بينهم تسعة ملوك. ومن بينهم تحتمس الرابع وأمنحتب الثالث من الأسرة الثامنة عشرة ، ومرنبتاح وسيتي الثاني وسبتاح من الأسرة التاسعة عشرة ورمسيس الرابع والخامس والسادس من الأسرة العشرين.